クロダイをザリガニで狙っていたのですが、エサを回収すると頭が割れているものが何匹かありました。 アタ

あまり詳しくないので分かる範囲ですが。

＞くい込みが悪いということはやはり餌のサイズをもっと小さくするべきでしょうか？

ぶっ込みなら３〜５センチだと、良いくらい？少し小さめ？だと思います。
３センチは小型がメインの時、普通の時は５センチ〜で。

＞頭をかじってあと胴体もかじるということをあまり黒鯛はしないんでしょうか？

No.2で書きましたが、大抵は一口で吸い込んで吐き出しますので、出て来た後は全体に潰されてグシャグシャです。
頭だけ返って来る事もありますが、その時は切れ口がスパッと切れてます。

ぶっ込み自体の細かい事は分かりませんが、一応書いておきます。
No.3の方が言われる様に「その場の状況で判断」これが一番重要になります。
地域にもよると思いますが、僕の地域でのぶっ込みはアタリがあっても放っておいて、持って行ってから一呼吸おいてアワセというパターンです。
このパターンで釣る為に餌をカメジャコ、無い時はザリガニを代用します。
飛ばす為のオモリは状況によりですが、ハリスは１〜１.５ｍ。
調整はガン玉と鈎でします。
ガン玉は大きい程、鈎に近い程アタリは大きくなりますが、餌に違和感が出ます。
鈎は小さい方が食い込みは良いですが、掛かりが悪いです。
好みによりますが、餌が５センチならチヌ鈎４号が基準でしょうか。

例えば餌が浮いてアタリが無いなら、飛ばすオモリ以外に鈎上４０センチ程度にガン玉を打ちます。これはB以下の軽めで良いです。
食い込みが悪い時は鈎のサイズを落とす前に、まず上で書いたガン玉を６０センチ位の位置に変えます。次に餌を大きくして、それが理由でアタリが遠くなったら餌を小さくするんです。

あとは原因を特定して、ひとつずつ試して、それが経験になって釣果につながります。
ポイントは餌に違和感が出ない様にする事ですが、基本的な事をした上での話ですので、あまりにやり難い方法にする必要はありません。
違和感と何度も言うのは、違和感をなくして、食わせて持って行かせる為ですので、飲み込ませる必要は無く、鈎を小さくする必要も余程の時でない限りあんまり無いという事になります。

以上ですが、他の方と若干違う内容については他の方の意見を否定するつもりではなく、地域や釣り方等の違いだと思いますので、ひとつの考え方として参考にして下さい。

クロダイであるかどうかは釣り場によって判断。クロダイが多いならクロダイでしょう。
餌は、魚の喉から胃までの食道の太さに合わせたほうがいいでしょうね。

当たりが出ないのは食いこまないから。例えば前打ちなどの落とし込みでは糸ふけの変化であたりを見るくらいですから。よって頭や爪を取って食い込みの良いように刺す必要があるかもしれませんね。ここらが現場でどうするかです。

私は、カゴ釣りの五目釣りで、クロダイをオキアミを餌にしてた釣りで掛けることがあるのですが、糸を張って餌を動かして（誘って）食わせるなどの操作のときに50ｃｍ前後のが乗ります。オキアミのMやLサイズからするとザリガニは大きいので比較すると呑み込みにくいはずです。

釣法、仕掛けによると思います。

＞アタリは正直分からなかったのですが、これはクロダイがかじったんでしょうか？

ザリガニは大抵吸い込んで吐き出しますので、付け方を変えるよりも大きさやオモリの違和感を排除したりした方が効果的というか、そちらの方が重要で、付け方は尻尾でほとんどの場合OKです。
アタリが分からないなら、食って持って行く様な向こうアワセになる様に仕掛け、やり方を調整する必要があります。

釣法によって対応策は変わって来ます。
投げ釣りは正直細かい所までは分かりませんが、落とし込みや前打ちの様な釣り方なら餌の大きさ、鈎のサイズ、オモリのサイズと位置、落下中なのか底なのか等、詳しい状況を書いてくれればもっと絞って回答出来ると思います。

ザリガニのサイズがどんなのかはわかりませんが、
いずれにせよ食いは浅かったか、ちょっといたずらしたくらいですからね。

もしあれなら、頭からぶっさして腹からだすつけ方や
背から頭に通すやり方を試してみても良いかもしれません。